外来物質が培養系に混入すること。細菌、酵母、マイコプラズマなどが主なコンタミネーションの原因です。特にマイコプラズマ汚染は、細胞のタンパク質産生や増殖、代謝の変化などが生じ、実験の再現性に影響します。定期的な検査、および検出時には早期の除去や廃棄が重要です。