高輝度光源ランプ（水銀、ハロゲン、キセノン、LEDなど）からの光線で蛍光分子（例：GFP、FITC等）を励起し、蛍光分子から発せられた蛍光を観察するための顕微鏡です。観察する試料は蛍光分子の遺伝子導入や、蛍光標識抗体で予め染色する必要があります。